南西諸島の地域では、本土とは違う時代区分が使われており、弥生時代からグスク時代直前までを「弥生～平安並行時代」としている。 また、先島諸島では縄文時代を「先島先史時代前期」、弥生時代からグスク時代直前までを「先島先史時代後期（無時文化期）」としており、前期は「完新世初頭文化期（白保竿根田原洞穴遺跡のみ）」と「下田原文化期」に分けられる。また、遺物がなにもみつからない「空白期」とよばれる時期がある
　※先島の空白期は、約16,000～10,000年前、9,000～4,000年前、3,500～2,000年前
　※沖縄の空白期は、港川人以降～約7,000年前